Pro zabránění zatopení metra v rozsahu roku 2002 byly na základě zkušeností z této dosud největší povodně v Praze zpracovány zásady protipovodňové ochrany metra. Nová protipovodňová ochrana metra vychází z požadavku, aby voda nepronikla do podzemních prostor při stejné úrovni záplavové vlny jako v srpnu 2002 zvýšené o 60 cm. Níže uvedená navržená opatření mají sloužit jako primární ochrana, tedy zabránit průniku vody do metra přímo na povrchu. Prvky ochranného systému metra (tlakové uzávěry atd.) budou v době povodní aktivovány a budou sekundární ochranou pro případ přelití nebo porušení ochrany primární. Další navržená opatření mají za úkol zamezit deformacím konstrukcí objektů metra vlivem hydrostatického tlaku a vztlaku. Informace jsou čerpány z dokumentace Metroprojektu, která byla zpracována v březnu 2004. Některá řešení mohou být při dalším rozpracování upravena nebo změněna.

V rámci výstavby trasy IVC1 byly realizovány tyto úpravy:

- sanace průsaků v prostoru bývalých odstavných kolejí (dnes traťové tunely);
- zděný nadzemní větrací kiosek obratových kolejí byl zodolněn proti proražení na vnějším líci železobetonovou stěnou, u větracích průduchů a zavážecích vrat byl zvednut parapet nad úrovní návrhové povodně;
- zesílení některých konstrukcí pod holešovickou přeložkou tak, aby odolaly tlaku návrhové povodně;
- přitížení třech dilatačních dílů konstrukce obratových kolejí bližších Vltavě jako ochrana proti vyplavání.

Ve stanici bude ještě realizováno:
- přitížení posledního dilatačního dílu konstrukce obratových kolejí bližšího ke stanici jako ochrana proti vyplavání. Na stropní konstrukci bude vybetonována železobetonová deska, která bude v polovině rozpětí opřena pomocí ocelových stojek do nového železobetonového trámu pod pochozí lávkou. Stojky budou lávkou procházet. Práce budou prováděny za plného vyloučení provozu obratových kolejí;
- přehrazení kolektoru vedoucího podél stanice, který ústí do objektu Českých drah. Protože České dráhy odmítly ochránit tento kolektor proti zaplavení, budou realizována pouze opatření v místek styku kolektoru a vlastní stanice. Kolektor bude případně při povodni zaplaven;
- přehrazení podchodu od severního vestibulu k autobusovému terminálu. Podchod se nachází nad kolektorem se kterým je na mnoha místech propojen. Bude ochráněna pouze část se strojovnou hlavního větrání. Vlastní podchod bude případně při povodni zaplaven;
- vybudování pevných a mobilních hradítek v okolí severního vestibulu a zřízení pojistných hradítek ve vestibulu pro zachycení vody prosakující vnější ochranou a její svedení do čerpací jímky;
- opatření na kanalizační síti a na vstupech inženýrských sítí.

pro snížení přítoků spodní vody do chráněné oblasti provedení těsnících clon (metoda tryskové injektáže) pod základy mobilních hradících konstrukcí tam, kde není možno využít původní podzemní stěny, které sloužily jako zapažení stavební jámy;
- pro snižování hladiny spodní vody a zmenšení hydrostatického tlaku a vztlaku na konstrukci vestibulu je navržen systém kopaných čerpacích studní (hloubka cca 7m) podél hrany chráněné oblasti;
- vybudování mobilních hradítek v okolí vestibulu nad původními nebo novými podzemními stěnami;
- opatření na kanalizační síti a na vstupech inženýrských sítí.

- přitížení a snížení rozpětí základové desky vestibulu přikotvením trvalými kotvami;
- zajištění vstupů do metra kombinací pevných a mobilních hradítek, zvýšení parapetů vstupních přístřešků;
- provedení těsnících clon (metoda tryskové injektáže) a vybudování pevných hradítek v okolí vestibulu nad novými podzemními stěnami;
- zřízení pojistných hradítek ve vestibulu pro zachycení vody prosakující vnější ochranou a její svedení do čerpací jímky;
- zesílení vybraných vnitřních konstrukcí stanice a instalace tlakuodolných dveří do kritických míst;
- opatření na kanalizační síti a na vstupech inženýrských sítí;
- instalace systému pro monitorování účinků vztlaku a pohybu mezi dilatačními díly stanice.

zřízení nových mobilních hradítek do vstupu z ulice Na Hrázi včetně nového způsobu zakotvení;
- aktivace podzemních stěn, které sloužily jako zapažení stavební jámy, na přitížení tělesa stanice pomocí železobetonových zarážek;
- opatření na kanalizační síti a na vstupech inženýrských sítí.

Při statickém posuzování bylo zjištěno, že navýšení ochrany na úroveň návrhové povodňové vlny by mohlo vést k destrukcím a porušení některých konstrukcí vestibulu, proto bude stanice chráněna pouze na původní úroveň. Pro zvýšení ochrany by bylo nutné provést rozsáhlé stavební úpravy vestibulu stanice, které by se rovnaly výstavbě vestibulu nového. V rámci oprav po povodni byly realizovány tyto úpravy:
- vyvedení větracího výdechu na střechu vestibulu;
- navýšení výdechu AKU;
- uzavření horního zhlaví vrtu z úrovně pod vestibulem do kolejiště;

Pro obnovu ochrany na původní úroveň bude ve stanici ještě realizováno:
- úprava části prosklené vstupní stěny vestibulu před trafikou pro instalaci nového mobilního hradítka;
- zvýšení parapetů oken;
- zřízení pojistných přepadů - chrličů na střeše jako pojistka pro odvedení dešťové vody z ploché střechy vestibulu;
- repase stávajících otočných hradítek;
- opatření na kanalizační síti a na vstupech inženýrských sítí.

- výměna obvodové konstrukce vestibulu za železobetonovou zeď, která bude kotvena do podzemních částí vestibulu a stávající nadzemní nosné ocelové konstrukce;
- dostavba nadzemní části vestibulu směrem k ulici Sokolovské v rozsahu celého půdorysu podzemní části vestibulu;
- opatření vstupních otvorů posuvnou tlakovou protipovodňovou zábranou;
- ukotvení konstrukce vestibulu do podzemních stěn, které sloužily jako zapažení stavební jámy z důvodu jejich přitížení;
- úprava větrací šachty;
- opatření na kanalizační síti a na vstupech inženýrských sítí.

Při statickém posuzování bylo zjištěno, že navýšení ochrany na úroveň návrhové povodňové vlny by mohlo vést k destrukcím a porušení některých konstrukcí společného objektu vestibulu Těšnov a vlastní stanice Florenc C, proto bude stanice chráněna pouze na původní úroveň. Pro zvýšení ochrany by bylo nutné provést rozsáhlé stavební úpravy vestibulu a stanice.

Pro obnovu ochrany na původní úroveň bude ve stanici realizováno:
- trvalé zabetonování nepoužívaného výtahu před Delvitou železobetonovou deskou;
- doplnění mobilních hradítek do vstupů objektu vestibulu a zodolnění některých konstrukcí;
- výměna izolací montážního otvoru v chodníku před vestibulem;
- skla oken do vestibulu nad eskalátory na nástupiště Florenc C budou opatřena bezpečnostní fólií jako ochrana proti plovoucím předmětům;
- zřízení pojistných přepadů - chrličů na střeše jako pojistka pro odvedení dešťové vody z ploché střechy vestibulu;
- úpravy větracích šachet;
- opatření na kanalizační síti a na vstupech inženýrských sítí.